Det som är spännande med den reformatoriska tankegången är att man överlag jämställer sig med den gamla judisk bibliska historien. Svenskarna ses som det utvalda folket och evangelium, predikad av en för Gud utsänd predikare, är reformationen. Vi får en klar och tydlig bild av detta inte minst i jubelpredikningarna. Anmärkningsvärt är även interpretationen av arvsynden, vilken för sin tid tolkats som positiv och ett måste för mänsklighetens historia. Kanske att man ska se det som en naturlig förlängning av den polemik som uppstod vid riksdagen i Linköping år 1600 angående excorsismens visavi arvsyndens betydelse.
Under 1500-talet fick Sverige ett stort antal invandrare. Med dessa följde läror som kalvinismen och zwinglismen. Erik XIV stiftade bekantskap med David Chytraeus vilken tillägnade honom boken Explicatio Apocalypsis Johannis 1563.
Syftet var att förmå kungen stödja ortodoxin i den likvoristiska striden. Anledningen var kalvinisternas annorlunda nattvardssyn. Han ville slå fast ”den rena läran” och avstyra en heterodox syn på sakramentet. Det här drabbade sedermera inte bara Johan III i sitt äktenskap med den katolska Katarina Jagellonica, utan även den av reformationen antagna nattvardssyn.
Handelsblockaden i sjuårskriget 1563-1570 utgjorde ett hot mot nattvarden eftersom det inte fanns något vin. På grund av detta överlät Erik denna fråga till Chytraeus. Svaret blev kort: inget vin – ingen nattvard. Eftersom kalvinisterna såg vinet likt en symbol gick således de två skilda synerna på sakramentet i polemik.
Två år innan freden i Stettin, vilken innebar ett definitivt slut på Kalmarunionen, avsattes Erik i en konspiratorisk statskupp ledd av Johan III. Sverige var nu bankrutt och han ville komma åt arvet Katarina medfört i äktenskapet varför han började förhandla med katolska makter och allianser. Kyrkopolitiken närmade nu sig alltmer katolicismen vilket även Chytraeus märkte. Han försökte därför förmå Johan III att driva liturgin åt rätt håll. Trots detta utgavs den Röda boken 1576 vars syfte kan liknas vid ett försök att förmedla katolicismen med den luthersk-evangeliska läran.
Johan, som sägs vara reformkatoliker, förhandlade med jesuiten Possevino om ett borttagande av celibatet, att fira nattvarden i dess båda gestaltningar samt att gudstjänsten skulle förrättas på folkspråket. Han ogillade också Chytraeus kritik mot jesuiten och den som fördes mot honom själv eftersom Chytraeus stod fast vid att den apostoliska dignitet svenska kyrkan uppbar enbart berodde på reformationen Gustav Vasa genomfört, samt att han framhåll Confessio Augustana som kärnan till denna rena lära.
Man tror det kan finnas två skäl till att Johan ville låta Sverige framstå som ett lutherskt rike. Å ena sidan hade förhandlingarna misslyckats med den katolska makten vilket ledde till att landet blev isolerat, både politiskt som konfessionellt. Han framstod som ambivalent i sin religiösa tro och detta medförde att landet sågs som opålitligt. Följaktligen var ingen intresserad av att alliera sig med landet.
Å den andra sidan tror man att han påverkades att närma sig lutherdomen genom sin andra hustru Gunilla Bielke. För Johans räkning blev Chytraeus därför uppmanad att 1585 skriva Sveriges historia där innehållet tydligt skulle påvisa Sverige som ett evangeliskt land samt att kungen var dess custos ecclesiae i enighet med Augustana. Enligt Örebro artiklar 1586 hävdade prästerna att kungen skulle ta ansvar för trosutövningen, vilket också kan ha varit en bidragande orsak.
Under konfessionaliseringens tid övertog staten utbildningarna och bestämde dess innehåll. De flesta av kyrkans män hade därför studerat vid Rostock universitet och tack vare det kommit i kontakt med Chytraeus teologi. Laurentius Petri var en av dessa. Chytraeus tog ställning för en sammanslutning mellan grekisk ortodoxi och lutherdomen vilket dock inte var praktiskt genomförbart. Däremot spred sig skriften Oratio de Statu Ecclesian till det svenska hovet.
När David Chytraeus arbetar med Konkordiboken slumpar det sig så att Laurentius Petri sitter i hans närhet. Laurentius skrev 1571 den svenska kyrkoordningen vilken sägs vara präglad av Melanchton.
Fast kravet om erkännandet av Confessio Augustana, likt ett symbolum för den svenska kyrkan, ökade och det blev en intern splittring. 1581 översattes dock Confessio Augustana till svenska i där man kan utläsa huvuddragen av Chytraeus teologi; summan av den kristna tron är likvärdig de tre gammalkyrkliga symbolerna.
Innan Uppsala möte hölls 1593 tillkom en formulering vilken vidgade dennes teologi; ”Guds rena och klara ord” och ”enligt den Augsburgska konfessionen”. Vid mötet antogs således Skriften, 1571 års kyrkoförordning, och vid sidan av dessa, de tre gammalkyrkliga symbola samt Confessio Augustana, inte Konkordiboken från 1580 och definitivt inte Den Röda boken.
Dock menar de kyrkohistoriska forskarna att det finns likheter mellan Konkordiboken och Uppsalas beslut Confessio Fidei, som förvisso icke rör några dogmatiska frågor utan mer är av formell karaktär. Däremot kan man nog med fog påstå att mötet skapade en gemensam identitet för landet och dess invånare.
David Chytraeus blev med detta den svenska ortodoxins fader.