Monofysiterna ansåg Kristus vara gudamänsklig, det vill saga att det mänskliga efter inkarnationen antagit en gudamänsklig natur. De representerar således den alexandrinska teologin medan duofysitismen däremot utgår från den antiokenska teologin vilka menade att Kristus uppbar två naturer, en mänsklig och en gudomlig.
Här fanns en strikt åtskillnad mellan dessa naturer. För den antiokenska företrädaren Nestorius var det därför oerhört viktigt att särskilja Kristus mänskliga – respektive gudomliga sida. Eftersom Maria födde människan Jesus är hon en Kristusföderska och inte en gudaföderska. För att betona den mänskliga relationen mellan Maria och Jesus stred Nestorius för att benämningen istället skulle vara Christotokos eller ”Mother of Christ” – Kristusmodern.
Hennes modersaspekt tjänar således enbart likt frambärerskan av det mänskliga i Jesus eftersom hon är en människa.
Nestorius grundar detta på att det var först efter födseln som Jesus förenades med Logos – det gudomliga. Jesus mänskliga gestaltning utgör med andra ord enbart en boning för det gudomliga Logos. Alltså kan Maria inte vara någon gudaföderska. Vad mera är, han påpekade dessutom att Maria ”bara” var en kvinna och att det är en fullständig omöjlighet för Gud att bli född av en kvinna. Begreppet Theotokos – Gudaföderskan förkastades således.
Ekvivalent med den antiokenska teologin om den inkarnerade Kristi två naturer, det gudomliga och det mänskliga, stod han dock fast vid varför han kom att utföra inte mindre än tolv bannlysningar mot Cyrillus teologi rörande ordet och köttets samhörighet. Det allra första anatema var således att termen theotokos inte skulle appliceras på Maria.
I polemik till detta stod då den alexandrinska skolan.
Dess företrädare Cyrillus hade gått i lära hos Apolinarius av Laodicea vars uttryck för Kristi natur utgör incitamentet för den monofysitiska teologin.
Kristus mänskliga natur förvandlades i inkarnationen till att bli en gudamänsklig natur i där både gudomligt och mänskligt förenades till ett, det vill säga en hypostatisk enhet vilken inte kan skiljas åt.
Enligt Apolinarius är Guds Logos natur den köttsliga.
Här har Marias modersaspekt två funktioner, dels är hon Guds mor och dels är hon mor till, jag citerar: ”en mänsklighet som existerar bara i förening med Ordet”.
Cyrillus använde sig gärna av definitionen theotokos. Han ansåg att om Jesus var Gud så var Maria gudens moder eftersom Kristus är en, med en natur, i där mänskligt och gudomligt inte kan separeras. Striden om Kristi natur innebar, som konsekvens, att Nestorius förfäktade Kristi gudom och med det frälsningen vilket ledde till att Cyrillus uppfattning om Maria likt en gudaföderska antogs vid Efesus första koncilium år 431.
Dock var epitetet ”The Mother of God” – Gudens moder inte ett nytt begrepp, tvärtom så härstammade det från den fornegyptiska filosofin beträffande Isis och hennes födsel av guden Horus.
Stannar vi här och funderar över Cyrillus tankegångar kan vi i hans resonemang kring Maria som gudaföderska även försätta den trinitariska frågan i rejäl gungning.
Om nu Maria är en gudaföderska så måste hon ha funnits innan Gud. Alltså torde idén om en evig Gud falla. Likaså innebär det även att Han inte heller kan vara den som fanns innan det skapade och då uppkommer genast följande frågor:
Vem är egentligen skaparen? Är Gud skapad? Vem ska föreställa imago et similtudo Dei, det vill säga guds avbild? Var kommer Maria ifrån? Slutligen, vem är Sonen?
Vad vi upptäcker är att när Maria föder guden, en gud tillika skaparen vilken sägs ha funnits för evigt och så skall förbli, torde hon själv uppnå en gudomlig status eftersom hon i egenskap av moder frambringar något gudomligt.
Här måste vi således gå i polemik med Nestorius utfall om att Gud inte kan bli född av en kvinna just därför att det då vore som att gudomliggöra kvinnan. I förlängningen skulle detta innebära att hennes intrinsikala värde i egenskap likt en feminin natur implicit försätter den maskulina Gudsidentiteten i en underordnad situation eftersom Hon är den som föder Guden.
Detta är inte möjligt enligt ett patriarkaliskt synsätt. Slutprodukten innebär att om Maria upphöjs till en gudomlig status sker detta tack vare tolkningen att Kristus är av en gudomlig och köttslig sammanhängande odelbar natur.
Sedan tillkommer givetvis hur förhållandet mellan Gud Fadern, Sonen och den Helige Ande kan förenas i denna födsel. Risken med detta resonemang innebär faktiskt att frälsningen omintetgörs eftersom människan i så fall fanns innan Gud. Följaktligen blir människan skaparen och därmed gud.
Driver vi detta ännu djupare kan man föreställa sig att om Gud fanns innan Maria, och att hon i egenskap av mor och gudsföderska trots allt föder guden, tillika Jesus Kristus, måste vi ha att göra med fler gudar än en.
Rimligtvis kan inte Gud ha funnits innan Maria om Han blir född av densamma. Och om Jesus är Sonen, född av Maria, kan han inte heller vara Gud för då får vi en ohållbar formula vilken säger oss att förhållandet mellan Fadern och Sonen inte kan vara av en natur eller ett väsen.
De kan inte ens uppnå samma gudomliga dignitet eftersom Sonen blir underordnad Fadern på grund av det köttsligas inblandning. Guden kan därför inte å ena sidan existera före sin födsel, för att å den andra att födas likt Sonen av Maria – gudsföderskan, men ändock vara Fadern till sig själv, såvida Kristus inte ges benämningen att vara gudamänsklig.
När kristendomen proklamerades vara statsreligion under Theodosius regim ansågs all annan religion än den kristna vara kättersk. Till och med det grekromerska templet till gudinnan Isis stängdes. Emellertid hade associationen mellan gudinnan Isis och Maria som ”The Mother of God” redan grundlagts.